Al igual que pasa con el telescopio es difícil saber quien fue el inventor del microscopio y vuelven a aparecer dos nombres que también se les atribuye el invento del primero, Zacharias Janssen y Hans Lipperhey. En este caso se le suele atribuir al primero en torno al año 1590. Zacharias dijo que había conseguido hacerlo con la ayuda de su padre o incluso podría ser que su padre fuese el verdadero inventor ya que Zacharias por aquel año era poco más que un niño. En principio se inventó casualmente al intentar ayudar a la gente que tenía graves problemas de visión. Junto al microscopio óptico, también inventó la lente simple y el microscopio compuesto (con más de una lente). Hasta los años 60 del siglo XVII no se empezó a popularizar especialmente para fines médicos, uno de los investigadores que le dio más popularidad fue Robert Hooke gracias a su libro Micrografía donde mostraba ilustraciones de biología como la anatomía de los insectos.
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